Как добавить рекламу от яндекса в попап

Ответ такой – в десктопной версии никак. Яндекс запрещает вывод рекламы во всплывающих окнах, вот некоторые выдержки из правил:

3.2. При размещении рекламных блоков, которые перекрывают содержимое интернет-страницы (overlay-блоков), необходимо соблюдать следующие требования:

3.2.1. запрещено размещение overlay-блоков на десктопных версиях ресурсов, если они перекрывают содержимое интернет-страницы;

3.2.2. при размещении overlay-блоков должны соблюдаться следующие условия:

3.2.2.1. размещение допустимо только на устройствах с шириной экрана от 320 до 420 px

подробнее Правила участия в Рекламной сети Яндекса