После перевода сайт на https, Яндекс перестал видеть файл robots.txt

Дело в том, что для Яндекса сайт с http и https разные сайты. И, если Вы сменили протокол и поставили редирект — Яндекс начнет ругаться. Про переход на HTTPS подробно можно почитать по ссылке. Перейдите в раздел Индексирование — Переезд сайта. Ставим галочку Добавить https. Сами сайты Яндекс клеит долго, около 2-4 недель.