Изменения в robots.txt не применяются

Тут есть 3 варианта.

1. В корне сайта лежит файл robots.txt и показывается он, а не виртуальный. Вам нужно удалить существующий файл robots.txt в корне вашего сайта, чтобы начал показываться виртуальный. При необходимости — сделайте бекап файла перед удалением.
2. Это может быть кеш браузера, попробуйте его очистить.
3. Сторонний плагин вносит свои изменения, нужно попробовать отключить плагины, которые могут на него влиять.